มหาวิทยาลัยพะเยามีนโยบายจัดตั้งหน่วยปฏิบัติการชีวโมเลกุล เพื่อให้เกิดกลไกการบริหารจัดการเครื่องมือและครุภัณฑ์วิทยาศาสตร์ที่มีประสิทธิภาพ ลดความซ้ำซ้อน เป็นการใช้ทรัพยากรร่วมกันอย่างคุ้มค่า และเกิดประโยชน์สูงสุด อีกทั้งเป็นการประหยัดงบประมาณ และสามารถส่งเสริมความเข้มแข็งด้านงานวิจัย และสนับสนุนการเรียนการสอนที่จำเป็นต้องใช้เครื่องมือ และเทคโนโลยีขั้นสูง จึงจัดตั้ง “หน่วยปฏิบัติการชีวโมเลกุล” ขึ้นเมื่อเดือนมกราคม 2551 และต่อมาได้รับการอนุมัติเปลี่ยนชื่อเป็น “ห้องปฏิบัติการกลาง” ในวันที่ 9 มีนาคม 2554

             หลังจากนั้นได้มีการสำรวจความต้องการการใช้ครุภัณฑ์ด้านงานวิจัย พบว่านักวิจัยมีความต้องการครุภัณฑ์เฉพาะทางมากยิ่งขึ้น เพื่อใช้ดำเนินงานต่อยอดงานวิจัย อีกทั้งยังมีนักวิจัยรายใหม่ที่มีความต้องการใช้ครุภัณฑ์ด้านอื่น ๆ เพิ่มมากยิ่งขึ้นอีกด้วย ซึ่งสถานที่และครุภัณฑ์ที่มีอยู่ไม่เพียงพอต่อการทำงานวิจัยและการเรียนการสอน จึงได้จัดตั้งศูนย์เครื่องมือกลาง มหาวิทยาลัยพะเยาขึ้นเพื่อเป็นหน่วยงานที่ทำหน้าที่บริหารจัดการ และให้บริการเครื่องมือวิจัยทางวิทยาศาสตร์ที่มีราคาแพง และใช้เทคโนโลยีขั้นสูง ตลอดจนพัฒนาฐานความรู้ทางด้านวิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยีเพิ่มขีดความสามารถด้านการวิจัยและการเรียนการสอนของมหาวิทยาลัย จากความสำคัญดังกล่าว มหาวิทยาลัยพะเยาจึงได้ยกฐานะ จากห้องปฏิบัติการกลางเป็น   “ศูนย์เครื่องมือกลาง” หรือ “Central laboratory University of Phayao” (CLUP)  โดยภารกิจหลักของศูนย์เครื่องมือกลาง คือ

1) งานสนับสนุนงานวิจัย

2) งานสนับสนุนการเรียนการสอน

3) งานบริการวิชาการ

4) งานบริการวิเคราะห์ทดสอบ

5) งานพัฒนาและบำรุงรักษาเครื่องมือ

6) งานบริการข้อมูลครุภัณฑ์

ต่อมาในปี 2562 จากการประชุมจัดทำแผนยุทธศาสตร์การพัฒนามหาวิทยาลัยพะเยา ประจำปีงบประมาณ พ.ศ. 2563-2566 ที่ประชุมได้มีมติเห็นชอบให้ควบรวมหน่วยงาน 5 ศูนย์ในมหาวิทยาลัยพะเยา รวมกันเป็นสถาบันนวัตกรรมและถ่ายทอดเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยพะเยา และศูนย์เครื่องมือกลาง มหาวิทยาลัยพะเยา ได้เปลี่ยนชื่อเป็น “ศูนย์บริการเครื่องมือวิทยาศาสตร์และตรวจสอบคุณภาพมาตรฐานผลิตภัณฑ์” สังกัดกลุ่มงานบริการวิชาการเพื่อสังคม สถาบันนวัตกรรมและถ่ายทอดเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยพะเยา